入关前,皇帝统管两黄旗,代善(清太祖次子)统管正红旗;庄亲王舒尔哈齐的儿子济尔哈朗统管镶蓝旗;清太祖十四子多尔衮与清太祖十二子阿济格统领镶白旗;清太祖十五子多铎统领正白旗;代善长子岳托统领镶红旗;太祖五子莽古尔泰掌管正蓝旗。
入关后,八旗逐渐有了上三旗与下五旗之分。上三旗是指镶黄、正白、正黄三旗,上三旗为“天子自将”,归皇帝自领,地位高贵,人多势众,构成八旗的核心;其他是下五旗,是诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地,发展到后来旗主权利被削弱,八旗全归皇帝统领。上三旗与下五旗的分治,造成了正身旗人社会地位事实上的差别,是八旗制度的一次重大变革,是以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强的明显标志。
上三旗守卫皇城,挑取侍卫,皇帝外出时担任扈从,是皇帝最依重的亲军。下五旗除守卫京城外,被大批派往各地驻防戍卫。圣祖幼年即位时,以索尼(正黄旗)、苏克萨哈(正白旗)、遏必隆、鳌拜(镶黄旗)为四辅政大臣,均出身上三旗,说明上三旗人在参预政治方面也享有优势。
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